Grab taxonomy table from a .qza file and format to tibble.

Usage

taxa_data_qiime(qza)

Arguments

qza: Path to .qza file containing a taxonomy table.

Value

A tibble.

Examples

fpath <- system.file("extdata/qiime", "taxonomy.qza", package = "bubbler")
taxa_data_qiime(fpath)
#> # A tibble: 770 × 8
#>    asv                            Domain Phylum Class Order Family Genus Species
#>    <chr>                          <chr>  <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
#>  1 33e2cadd9d0b2b4ebeb6261766032… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Pepto… Pept… NA     
#>  2 5656d8b980bfee07e29e8fc119850… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Pepto… Pept… NA     
#>  3 7d893311a14a858907d4c8ca21d32… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Pepto… Pept… NA     
#>  4 ecf9eb9fa3970ff27a221e626395c… Bacte… Prote… Alph… Rick… mitoc… Raph… sativus
#>  5 acfe4c003905a7074aeaf385b78ad… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Rumin… Gemm… formic…
#>  6 80b20e907aa4fcf2309796bc303d1… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Rumin… NA    NA     
#>  7 a1b971c01ce0b220275c218adbe71… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Rumin… Subd… variab…
#>  8 d781fa7e866ac295ce9a56bd97912… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Rumin… Faec… prausn…
#>  9 bfbed36e63b69fec4627424163d20… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Rumin… Faec… prausn…
#> 10 90d32ffe026535b392c0bad850f21… Bacte… Firmi… Clos… Clos… Rumin… Faec… prausn…
#> # ℹ 760 more rows